La iglesia de Baltarga fue consagrada por el obispo Ingobert el año 891, pero el edificio actual es del siglo XI con importantes modificaciones del XVIII. Del ábside románico sólo queda la parte exterior más septentrional con finas arcuaciones ciegas propias del estilo lombardo; en su interior es cuadrangular, modificación pensada para albergar un retablo barroco. El resto del ábside fue sustituido por la sacristía. Al lado de la puerta se construyó un cuerpo añadido que funciona como soporte del edificio e internamente contiene dos capillas. Posiblemente el edificio sufrió un importante derrumbe de la parte más meridional y una posterior reconstrucción en 1771, como indica la inscripción en una de las capillas meridionales, momento en el que también debió construirse la torre campanario.

Junto al fragmento de ábside lo más destacable es la puerta, también de estilo lombardo, de arco de medio punto con dovelas reseguidas por un arco de piedras delgadas y uno concéntrico de dientes de engranaje.

En el Museo de Arte de Cataluña se conserva un frontal de altar de finales del siglo XII o principios del XIII. Una obra de gran calidad que representa un pantocrátor central rodeado de los símbolos de los evangelistas con dos parejas de discípulos a ambos lados. Por otra parte, en el Museo Diocesano de la Seu d’Urgell, se conserva parte de las pinturas murales del ábside y el arco del presbiterio de la segunda mitad del siglo XII.