L’església de Baltarga va ser consagrada pel bisbe Ingobert el 891, però l’edifici actual és del segle XI amb importants modificacions del XVIII. De l’absis romànic només queda la part exterior més septentrional amb fines arcuacions cegues pròpies de l’estil llombard; a l’interior és quadrangular, modificació pensada per encabir un retaule barroc. La resta de l’absis va ser substituït per la sagristia.  Al costat de la porta es construí un cos afegit que funciona com a suport de l’edifici i internament com a dues capelles. Possiblement l’edifici va patir un important esfondrament de la part més meridional i una posterior reconstrucció el 1771, com indica la inscripció en una de les capelles meridionals, moment en el qual també es devia construir la torre campanar.

Amb el fragment d’absis el més destacable és la porta, també d’estil llombard, d’arc de mig punt amb dovelles resseguides per un arc de pedres primes i un de concèntric de dents d’engranatge.

Al Museu d’Art de Catalunya es conserva un frontal d’altar de finals del segle XII o principis del XIII. Una obra de gran qualitat que representa un pantocràtor central rodejat dels símbols dels evangelistes amb dues parelles de deixebles a banda i banda.  D’altra banda, al Museu Diocesà de la Seu d’Urgell, es conserven part de les pintures murals de l’absis i l’arc del presbiteri de la segona meitat del segle XII.